http://news.google.co.jp/news?ned=jp
などのサイトはなぜUnicodeでサイトがEncodeされている
のでしょうか？このサイトやYahooなどはEUCやSHIFT_JIS
が設定してあるんですが。ここのサイトもUnicodeだと何が
まずいのか知りたいのですが。

どなたかこの辺に詳しい方ご教授いただけないでしょうか？

>はなぜUnicodeでサイトがEncodeされている
>のでしょうか
ちなみにこれは画面上を右クリック→エンコードで確認した結果です。 　

仰るとおりEUCやS-JIS、JISなど色々な2byte文字コードが存在しているので
ブラウザによっては正しく判定できないことがあります。
それによって文字化けが起こるわけです。
Unicode UTF-8はそれを防ぐために使用される可変長の文字コードです。
ちょっと前まではファイルサイズが大きくなったりするので
使用が避けられてたんじゃないかと。

詳しいことはUTF-8とかで検索してみてください。 　

あ、あと日本語と他の外国語を混ぜて表示することができるので
Googleのような検索結果が多国語にわたるようなサイトでは
Unicodeじゃないとまずいんだと思います。 　

ここの記事を参考にしたんですが、
http://mlang1.osaka-gaidai.ac.jp/~tagengo/multi/how_to_utf8.html
Unicodeでドキュメントを作成するとファイルサイズが小さくなるそうなんですけど。その他、「HTML作成IDEがUnicodeをサポートしていない」
なんかUnicodeを使って困ることはあるんでしょうか？検索してみたところSHIFT_JISになれているからとかしか出てこないんですが。

現在サーブレットの開発をしているんですが現在サーバーからResponseを返すときにいつも日本語ならSHIFT_JISをしているんですがUnicodeにしたら何も問題ないのでしょうか？SHIFT_JISですと、ブラウザーによって見えないものも出てくるみたいなのですが。

　

そのサイトで述べられているように、ファイルサイズが小さくなるのは多言語対応のサイトを作った場合についてのことだと思います。
その理由はそのページの中で明確に述べられてますので再読を。
日本語だけのサイトの場合、2バイト文字の日本語をわざわざ3バイトで作る事になりますから、ファイルサイズは結果的に大きくなると思いますが？