そのディレクトリに格納されている情報はFlash Playerが利用するものですが、
問題となっている情報はおそらくFlash Cookieと呼ばれるもので、
サイトを訪問した時にサイト毎の情報が格納されます。
例えば、youtubeのサイトに関する情報が壊れていると、音が出なくなる可能性があります。
したがって、その場合はyoutubeのサイトに関するFlash Cookieを削除すれば良いはずです。
ディレクトリごと削除しても、削除されるので音はでるようになりますね。
(ディレクトリを削除したときにFlash Playerの動作が正常かどうかはわかりません)
ただし、以下のサイトを読むと、単純に削除すれば良いものでもなさそうです。
(支障がないのなら構いませんが、設定などが失われているはずです)
トピ主さんが行ったのは「手動での削除」に該当します。
http://enchanting.cside.com/security/flashcookie.html