すみません、良く分からないので教えて下さい。
ipotをカナダで購入し、契約？しているので
カナダのアップルストアでは買い物できますが
日本のアップルストアでアプリが購入できません。
両方購入したい場合どうしたら良いのでしょうか？

日本のiTunesから音楽やアプリを購入するには、日本発行の（日本に住所がある）クレジットカードが必要です。
カナダのクレジットカードで作ったアカウントがある場合、別に日本用のアカウントを作る必要があります。
両方から購入はできません。
Jailbreak（脱獄）すればできるかも知れませんが、方法は知りません。