ちょっと時間がないので、直接の相談は難しいですが、
FFFTPなどで見たときに、ファイルがサーバー上に表示されており、
ファイルサイズがローカルのファイルと同じであれば、
アップロード自体が成功していると思います。
(アップロード時にエラーが出力された、もしくは、ファイルサイズが違う、
場合には、アップロード自体が失敗していると思いますが。)
もしアップロードが成功しているのであれば、問題は Web サーバーの公開設定にあるように思います。
サイトのアドレスを、(おそらく IE で表示?)指定した際に、どのようなメッセージが表示されますか?
Web サイトの設定は、以下のサイトが非常に役に立つかと思います。
(Webサーバー構築(Apache))
http://fedorasrv.com/apache.shtml