他の人が会話しているのを聞いて、”get along with ○○”　で、”○○と仲良くしてる”っていう意味だと思って使っていたのですが、インターネットの辞書で見たら、get along with you で　”出ていけ　帰れ”とありました。
http://dictionary.goo.ne.jp/leaf/ej3/35646/m0u/get+along+with/

「ルームメイトと仲良く過ごしているよ」とか言うときなどによく使っていた表現だったのですが、「ルームメイトなんか出て行けっ」て言ってると思われていたのかなぁと心配です。

話の流れや表情から、仲良くしているという意味で通じていたと思うのですがなんだか正反対な意味ですけれど、スラングとかで”仲良し”という意味にもなりますか？

仲良しの意味であっていますし心配することないと思います。この本来の意味で用いる場合はスラングではありません。

出て行け！というニュアンスで用いるときは（これはスラングに入るのかもしれませんが）「！」があるように日本語で「出て行け！」とか「うそばっかり！」という時のように言い方がきつくなり、口調・トーンが全く違います。普通に会話している中でget along with my roommateとか言ってて出て行けという意味には取られません。それに通常悪い意味で使うときは"get along (with you)"を単独で用い、"I get along..."とか主語を置きません。

"Get along with you now..." ってだけを言ったら「帰れ」って意味をするけど私の経験では年多い人とかウェスターン映画とか使われてる表現だと思います。
次の例文を読んで下さい。
"I get along with them very well"「彼らとけっこう仲良く過ごします。」
"We get along pretty well I think!"　「俺たちはけっこう仲いいと思うけど。」
知ってる通りの意味してるんですよ。あまり「get along with you」って表現を気にならないで下さい。

回答ありがとうございます。

よかった。仲良しという意味で使われる言葉なんですね。安心しました。