What are you so up in arms about?っていう文章を新聞記事で見つけました。もし意味がわかる方いたら教えて下さい。なんか多分ひどくupsetしている時の文のようなんですが、、、

"up in arms" で「憤慨している」です。
なので「何をそんなに憤慨してるんだ？」という意味です。

この arm は腕ではなくて武器の arm で、武器を持って立ち上がっている＝憤慨してる、のイメージです。 　

なるほど〜。ご丁寧にありがとうございました。