英語で過去を表現する言い方がとてもこんがらがっています。
Past, Past perfect simple, continuous....　
Whenを使う文章では何形、Asが文章にある時は何形、by the timeがあれば何形を使って過去を表現するとか法則ってあるのでしょうか？
それとも文章の流れから判断するべきなのでしょうか？

>Whenを使う文章では何形、Asが文章にある時は何形、by the timeがあれば何形を使って過去を表現するとか法則ってあるのでしょうか？

ありません。

>それとも文章の流れから判断するべきなのでしょうか？

そうですね。それが正しい回答です。
過去形、過去完了系、過去進行形、お分かりだと思いますが全て違った意味を持っています。ので、話す内容により、話の内容の時制によって使い分ける必要があります。

それぞれの詳しい説明は、今回は長くなるので止めておきます。

手元に文法書があるのでしたら、そこで一度意味の違いを復習すると良いかと思います。
詳しい説明が必要でしたらまたレス等させてもらいます。

頑張ってください。