知り合いとの会話ですが、busy trying to kill some spidersと言ったら、that’s something you don’t here every day..と言われました。ここにはクモなんて居ないからみたいなニュアンスでしょうか？

hereじゃなくてhearですね。
「最近どう？」みたいに聞かれて、主さんのように「うん、クモをやっつけるのに忙しくて」、と答えたから「あんまり聞かない（珍しい）状況ねえ」、って感じですかね。そんな返事が返ってくるとは思ってなかったんでしょうね。普通、仕事で忙しくて、とか一般的な答えを期待するから・・・。