例えば you are happyとyou’re happy.の使い分けを教えてください。
I will see you againとI’ll see you againなど短縮形です。
ネイティブの人たちはどう使い分けしてるのでしょうか？
短縮してない場合は強調して言ってるのでしょうか？
すみません、初歩的なことで。
よろしくお願いします。

どっちもおんなじです。

あえて違いをいえば、話し言葉では短縮形のほうつかわれますね。書き言葉ではどちらもつかわれますが、正式の文章では短縮がつかわれる頻度が少なくなります。 　

ビジネスの書類では短縮形を使わないように気をつけて下さいね。 　

話しているときは普段は違いはないと思いますが、強調したいときは短縮せずに「You ARE genius!」とか「I WILL be there!」とか言ったりはします。

あとは他の方も仰ってますが、仕事上での文書ではあまり使わないほうが良いでしょう。あ、同僚同士のメールとかだったら問題ないでしょうけど。