When I was an elementary level student there was the sutudent in my same class who worked in junior high school as an English teacher.
ということを言いたいのですが、whoの位置はstudent とinの間にいれるべきでしょうか？

関係代名詞の位置はあっているのですが・・・
「小学校のときのクラスメートが（小学生のときに）中学の英語の先生をしていた」という意味なっています。

　

「elementary」は「小学校」という意味で使ったつもりではなく、「初歩の、初等の」というつもりだったんですが、、、間違っていますか？ 　

When I was taking an ESL class for beginners, one of the students in the class was teaching English in a junior high school. ってどうですか？　トピ主さんの文を読むと日本語の文を直訳しようとしていてギクシャクしている感じがします。　例えば "in my same class"と言わなくても"in my class"で十分”私のクラスにいた生徒”と理解できると思います。
　

RES1さんは、どこから小学校が出てきたんでしょうか？
う〜ん？ 　

↑私も最初読んだとき、まず「小学校」と思いました。文脈としてそれではおかしいので、ああビギナーレベルのことを言っているんだなと、最終的に意味はわかりましたが。

elemetary という単語は、一般に人間に関係することについて使われると、まず小学校や小学生のことです。特に level と一緒になって、elementary-level math、というと「小学校レベルの算数」という意味になります。

もちろん基本的な、という意味にも使われますが、どちらかというと、理論的に「基本」であるものについて使われることが多いと思います。elementary species = 基本となる種、elementary solution = 基本解、など。 　

res3さんに質問です。
was teaching English in junior high schoolとありますが何で過去進行系になるんですか？自分は単純過去が適当かなと思うんですがどうでしょうか？ 　

アメリカ英語で小学校は、ほとんどの場合Primaryを使います。
Elementaryは初歩のとか初等のという意味の場合の方が多いと思います。
日本の中学でも後者の方を教えられますね。 　

レス３です。 何で過去進行形になるのかうまく説明出来ません。 すいません。 中学卒業してすぐカナダに来てもう１０年以上経っていて文法とか考えずに話す様になってしまっているのでただ私だったらどう表現するかなっと思っただけです。