電子レンジの中では何が起こってると思う？など、相手に考えさせる(!?)ような質問をする際に、
What do you suppose WHAT IS GOING ON in the MW?
って変ですよね？what が２回もあるし・・
かと言って、
What do you suppose IT IS GOING ON in the MW?
というのも、なんだか変な気がして・・・
何かアドバイスお願いします。

このような場合は、
Do you 〜 what is 〜？となります。
でもsupposeという単語は簡単にthinkなどにした方がいいかも。 　

What do you think is going on the MW??
の方がいいかも！！ 　

sorry!! what do you think is going on in the MW?? 　

↑
主語が飛んでます。というか、What do you thinkの後には通常の肯定文や疑問文は入らないと思いますが。　いかがでしょうか？ 　

What’s going on??に do you think が挿入された感じだよ。do you think は、こんな感じで挿入するのがルールだったようなきがする。てか、自分はこういってるんだよね。
what do you think is the best to improve my English??
who do you think said so??
who do you think she had an affair with??　とか笑 　

What do you suppose is going on with the microwave?でもよい。

でも What do you think’s going on with the microwave?のほうが言いやすいと思う。 　

You know what’s going on〜　または
Can you guess what’s 〜　にすれば？