(a)I had been working hard all day.
I had worked hard all day.

(b)I had worked there for 5 years.
I had been working there for 5 years.

とてもこんがらがっています。わかりやすく違いを説明してもらえますか？

（Ａ）の上段に関しては、わかっておられると思いますが継続をあらわします。でも過去完なので構成自体が私は疑問を感じました。過去完の場合時制を現す何かが入ると思うのですがａｌｌ ｄａｙ だけなのでちょっと不思議でした。つまり過去のある時まで継続していたのでいつまでという表現が入ってくるのがbetterかと思いました。これに関しては下段も言えます。そして質問に関してですが内容に関してはそこまで大きな差はないと思います。というのは動詞がworkですよね。これは働いている状態も含めるからです。
ｈａｖｅもそうですよね。動作も現しますが状態も表します。たとえば
Ｉ ｈａｖｅ ａ ｃｏｌｄ これは状態ですよね。べつにｉｎｇをつけたりしません。だからｗｏｒｋも同じです。ですがもし仕事中に電話がなってきたら Ｉ’ｍ ｗｏｒｋｉｎｇ ｎｏｗ といえますよね。とくにこういう風に相手にその継続を伝えたいなら使ってよいでしょう。
そして（Ｂ）ですがそれも内容的にはそこまで違わないでしょうがこの表現をするときの前後の会話内容に焦点が来ます。たとえばいやーな上司がいてでもやめられなくて。そんなことを話したあとなら下の段で内容を強調出来ます。つまり背景に何かがあることがポイントとなります。
でも上の段は誰かにどのくらい働いてたの？とか聞かれたとき軽く言えます。まぁこれらはあくまで私の一意見なので他の人にも聞いて見てください。私もまだまだ不思議だらけなので。ではがんばってください。