I had a difficult time to get a response.
I had a difficult time in getting a responce.
I had a difficult time getting a response.

なかなか返事をもらえなかった、という場合にこのいずれかをつかいたいのですがどれが正しいのでしょうか。

I had a difficult time だと何度も何度も催促したのに返事がもらえなかったという風にとれます。

返事が来るのに時間がかかったと言う意味での「なかなか返事をもらえなかった」なら
I didn’t get the reply for a long time.
I had to wait to get the reply for a while.
　

トピ主さんのあげた３つなら、３つ目が正しいでしょう。

It was a while before I received any response (from someone).
I did not receive any response (from someone) for a long time.

もし相手が故意に返事をしぶっていたならまた違う言い方ができます。　なぜ返事がなかなかもらえなかったのか、その理由がわからないとニュアンスが合った訳ができないかも。 　

レス１さん、２さん、ありがとうございます。

本意はレス１さんの言う「何度も何度も催促したのに返事がもらえなかった」ということです。

今日偶然英文学専攻のカナディアンの知り合いに出会ったので（親しい間柄ではないのでメールや電話で聞くのははばかられた）聞いてみるとどれも使えるけど一番フォーマルなのは３番目だと言ってました。辞書やインターネットで調べても違いについて書いているものが見つけられず、今でもすっきりはしませんが、何か参考になるサイトとかご存知でしょうか。

いずれにせよ、お二人のご意見ありがとうございます。勉強になりました。