うまく説明できないのですが、例えばそれをひっくり返して！という時に、turn IT over となるのか、turn over IT　となるのか、迷うことがあります。他にも、pick up IT なのか、pick IT up なのか・・・どこにIT を入れるか、ルールみたいなものはあるんでしょうか？？

"Turn IT over" and "pick IT up" is correct
Other examples:
"flip it over"
"turn it on"
"switch it off"
"throw it down"
"toss it up"
　

代名詞（itなど）の時には、動詞のすぐ後ろにしかこれません。
特定の名詞を使うときには、動詞と離れても使えます。

〔例〕
Turn down the radio. = Turn the radio down. - CORRECT
Turn it down. - CORRECT
Turn down it. - INCORRECT

Turn over a card. = Turn a card over. - CORRECT
Turn it over. - CORRECT
Turn over it. - INCORRECT

Pick up my luggage. = Pick my luggage up. - CORRECT.
Pick it up. - CORRECT
Pick up it. - INCORRECT


分かってもらえたでしょうか。 　

トピ主さんは「Phrasal verb」（動詞と前置詞の組み合わせによる句動詞）について質問されているんですよね？

Phrasal verbには”separable”と”non-separable”の２種類があり辞書にその旨記載されていると思います。
Separableのphrasal verbであれば動詞と前置詞の間に名詞をはさめます（例: turn it over）。ですがこれは名詞が一般名詞（？）だった場合だと思いました（例："pick him up" & "pick up Mark"）。Non-separableの場合は切り離せません。

この説明で分かりますか？ 　

簡単に説明しましょう。
itなど、短い単語であれば間に入れる（pick it up)
長い場合は後ろに持っていけばいいのですよ。

特に深く考える必要はありませんよ。
それで大丈夫です。