http://www.robson.org/capfaq/look.html#MatchingAudio
上のサイトによると、下のどれかである可能性が高いようです。
1)故意に変更する
子供向け番組など、読む力が劣る視聴者向けに、キャプションは簡単なものに置き換える。
2)話された言葉をキャプションにしていない
台本がある番組などで、その台本をキャプションにした場合、実際に番組中に喋られた言葉とのずれが生じる。
3)番組内容の変更
最終編集が終わる前にキャプションを作成し、その後、番組で喋る言葉が変更された場合などに、違いが生じる。
キャプションは本来、聴力障害を持っている人のためにあり、英語の教材ではないので、ずれても仕方ないですね。