「理解してくれましたか？」とか「分かってくれましたか？」ってなんて言うべきでしょうか？Do you understand me?じゃおかしいですか？

状況によって変わってくると思います。
何か行き違いがあって、さんざん説明した後に「私の言ってること分かってくれたかなー？」という意味合いなら「Do you understand me?」でもいいと思います。普通のトーンでいうとちょっと怒ってる雰囲気が伝わるかも。

もし、「私の言っている意味、理解してもらえたかな？」とい確認のニュアンスなら「Do you know what I mean?」…これは結構一般的によく使うかも。

「私の気持ちを分かってくれましたか？」なら「Do you understand how I feel?」

あと、言葉の言い方がぶっきらぼうできついか、やさしく確認するように言うかによって同じ表現でも意味合いが変わってくると思います。
なので「Do you understand me?」でもおかしくはないと思いますよ。 　

try: Does that make sense?

This is very common in English. It is more polite. 　

何かを説明した後でそのことについて相手が分かったか確認する時

do i make myself clear?

友達同士などのとき

you got that(it)?