商品を購入するやり取りの文章で
注文していたモノが、工場の設備入れ替えで
２,３ヶ月は生産されないだろう。
と、言う文の最後に

Did you have one on order?

と、書いてありました。

素直に訳して
「あなたは１つ注文していますか？」
だと思うのですが、ここで“Did”を使うコトに疑問を感じます。
注文している状態なのは、今なのに過去形でいいのですか？

have you had one on order?
だと思ったのですが…。

メールの発信者は工場の設備入れ替えを時制の基点として考えているのではと推測します。なので、工場の設備入れ替え前に「発注中のものはありましたか？」と聞いているのではと。

トピ主とそのメールの発信者とのやり取り(前後の文章)次第だとは思いますがね。 　

過去形は時々丁寧語としても使われますよ！ 　

↑この場合は違うけどね。
レス１さんの答えで充分でしょ。 　

"have you had one on order? "

これだったら「今まで過去に一度でもこれを発注したことがあるか？」という意味になっちゃいますよ。 　

ありがとうございます。
Res.1 無解答様のご説明がすごくわかりやすかったです☆★

>>Res.2　無回答様
過去形が丁寧語になることもあるんですね。
まだ、そこまで勉強が進んでいなくて。過去形でつまずいてました(笑)。
過去形＝丁寧語もあるっていう壁にぶち当たる前に知っておけて良かったです。

>>Res.4　無回答様
自分がどう間違っているかわかりました☆ありがとうございました！