>He made that by hand!
すみません。悪いことは言いたくないんですがそんな使い方しないと思います。
トピさんの例題の場合、手は勝手に動いて物を作れませんよね。
物を作ったのは「私」ですからこの場合Byを使ってしまうと「私の手によって作られた」ってニュアンスになってしまうと思うのです。
「自分の手を使って作った」のでWith my handsになるわけです。
Byを使いたければI enjoy making things By myself.とすればしっくりきますが手を使って作ることは強調できませんよね。
それでWith my handsになるんだと思います。多分粘土なんか手で作る物が好きなんじゃないでしょうか。