料理の説明してるときに、

What it is is〜

って言ってるように聞こえます。
ISが重なっていて変に感じたのですが、合っていますか？
『それは何かというと〜』ていうことですよね？

あってます。主に口語ですが、
疑問詞から始まる普通の節（疑問文でない)はそのまま名詞(節)
として使えます。
疑問文 What is it? ---> what it is
(Who is she?)
Who she is is none of your business.
(What is it?)
What it is is a kind of fungus that grows under
fallen pine needles.
など。