Yahooで検索したら、health checkupの方がヒットが多かったです。
でも、medical checkupの方が使われているのでしょうか？
どっちを使った方がいいのか悩んでます。
みなさんはどちらを使いますか？一般的にどっちが普通なのでしょうか？

ヤフー等で英語検索してる事態ナンセンス。

body scan　これ間違いない。
　

medical check 　

大抵の場合は、どちらを使ってもOKと思いますが、どんなタイプの健康診断のことを言いたいのですか？

言い方が違うだけというより、単純に medical と health の違いを考えれば大体雰囲気がつかめると思います。

Medical は日本語で言えば「医療の」という意味の言葉ですね。Health は「健康」です。

ですから、Medical checkup というと、クリニックや病院などで、医薬的な見地から検査をすることです。medical examination とも言います。採血とかしそうなイメージ。

health checkup は、健康状態を検査するという意味になりますから、もっと単純で広義です。ですから、病院で医師が検査を受けることも、health checkup と言えなくもないですが、どちらかというと、保健士さんが測定するようなタイプの一般的な検査のことを思い浮かべます（血圧とか測るようなイメージ）。でももちろん広義な言葉なので、medical checkup の意味も含められると思いますが

大抵、どちらを使っても問題ないと思います。 　

Medical checkup とMedical examinationは同じ意味ではない。
checkup で何か疑問点がみつかれば、それに対してexaminationする。