って、日本語で表現するとどういった感じになるのでしょうか？
『これで大丈夫か？』とか？

そうなら、”Is everything clear?”でも同じ感じでしょうか？

あまり関係ないかもしれないですが、グェンステファニーの歌でも”I know we’re cool”っていう節がありますよね。

お察しの通りですよ〜！

「みんないいね？」見たいな感じですね。 　

Are we cool? は、シチュエーションにもよりますが「これでいいよね？」って感じじゃないかと思います。
話し合いをしたあと、その結論について、お互いに納得してるか（片方が機嫌を損ねたまんまではないことを確認する）という事でしょう。ケンカした後、気まずくシコリが残りそうなとき、Are we cool? と確認したりしますね。

Is everything clear?は、相手が説明や指示などを判っているかどうかを確認する、不明な点が残ってないか確認してるという感じで、少しニュアンスが違うように思います。 　

誰かと気まずくなったけど、もぅ、大丈夫な時に使う？んじゃない？