i need to ask him a question about you...what is..permission to meet you when im in japan end of this month

イギリスの友人がメールを送ってきたのですが、何を聞きたいのか理解できません、permissionは許可なのですが、ビザの許可を聞いているのでしょうか？

そのまま訳せば、　今月の終わりに日本に行った時にあなたと会っていいか彼に聞かなければ。ではないでしょうか？
前後の文章がないので、himが誰なのかわかりませんが。 　

What do you mean by "permission"?って聞いてみれば？ 　

前後の関係がわからないので、him が誰のことを指しているのか判りませんが、意味的には、そのイギリス人が日本に来たときに、あなたと会っても良いかを、その人（him）に許可を貰わなくっちゃ。と言っているのだと思います。
文脈的には、その him は父親とか彼氏とか、あなたがその人と会うことを前もって報告しておいたほうが良い相手でしょう。