are you nice person? そして相手がNOと言ってきて、「あなたはいい人」と返事をする場合、no you areっと言えばいいのでしょうか？
それともyes you are notでしょうか？

教えてください。

Yes, you are. 　

ぐらさんが当たってますが、実はＹｅｓを入れなくってもカジュアルな感じでＯＫなんですよ。

＞are you nice person?
Ａ　ｎｉｃｅ　ｐｅｒｓｏｎですね。
でもＡｒｅ　ｙｏｕできくより「あなたっていい人よね」でＹｏｕ　ａｒｅ　ｓｕｃｈ　ａ　ｎｉｃｅ　ｐｅｒｓｏｎ．って言ってあげた方が喜ぶでしょう。その方が向こうも「Ｔｈａｎｋ　ｙｏｕ」と言い易い。
Ａｒｅ　ｙｏｕ？と疑問系だとあんまり自分から「そうさ、私っていい奴よ！」って言えないでしょ。　
だからＮｏって言うしかないというか・・・　
でも「Ｎｏ」と言われたら「Ｙｏｕ　ａｒｅ！」といってあげましょう。
トピずれでしたね。　失礼。