トピ主べんきょう子さんの質問に回答を試みます。
■1 主語になってる「there」とは、何でしょうか?「It」ではだめなんでしょうか?
There is a pen.
の主語はThereではありません。a penが主語で、’there’は架空の文法語empty grammatical wordと呼ばれます。 cf)
http://www.eigo.be/grammar/there.htm
■2 例文作ってみたんですが、これは違和感ありますか?
(設定)安い賃金で現在働いてるが、もっと条件の良い仕事が見つかりそうな時。
There comes a time(point) when I quit this job.
≒A time comes when I quit this job.
「(ずっと辞めてやると思っていたが、ついに条件が整って)その時が来るぞ。」となり
特に違和感はありません。
■3 上記例文に違和感がない場合、以下に換えることはできますか?
It’s time to quit this job.
「今が辞め時だ」となり
これでも違和感はありませんが、ニュアンスは弱くなります。
■4 3の例文の場合、「止むを得ない」「自然な流れ」的なニュアンスがなくなる、ということでしょうか?
はい。その時「が来るcome」と「であるis」の違いですね。