光熱費の支払いを自動引き落としにしたいので
電力会社に問い合わせてみようと思うのですが、

I’d like to know if I can pay electric bills by direct debit?

という文章ではおかしいですか？
先方が自動引き落としに対応しているかどうか分からないので
「自動引き落としにしたい」と言うよりは
「自動引き落としは出来ますか？」というニュアンスで
聞きたいのです。

アドバイスお願いいたします。

I’d like to arrange an automatic payment from my bank account. 　

I’d like to make payments from my bank account automatically.
でもOKだと思います。

質問にしたいのであれば…
Could I make payments from my bank account automatically?