今ホームステイをしていて、そこのホストブラザーがよく「How　come？」とよく言うんですけど、正式にはどういった意味なんですか？どんな時に使うのが一番適切なんですか？？教えて下さい。

whyと同じような意味です 　

まさにＷｈｙです。なぜ？
どのようにきた？と聞かれてると思ってる人多いみたいですけど違います。
貴方もなぜその場でどう言う意味か聞かないんですか？
ココで聞くより言われた時に聞くようにすれば、そこでもっとコミニュケーションの練習になりますよ。 　

ｗｈｙ？はなんだか冷めているときとかに使うような気がします。
だけど、ｈｏｗ　ｃｏｍｅ？はもっと柔らかいって言うか、え〜？なんで〜？みたいな感じの時に使うかな〜。 　

意味的にはｗｈｙとまさに同じですが、たしか文法的に続く文章が異なったと思われます。
whyを使った場合、
Why were you there?
となりますがコレがhow comeだと
How come you were there?
になるはずだったと思います。意味はどちらもまったく同じです。私もまだまだ未熟なもんですので、違ってたらどなたかご指摘お願いします。 　

ありがとうございました。 　

私もまだまだなんで、自信ありませんが、このhow come？のフレーズ聞いたとき私も意味がわからなくて友人に聞いたら、確かhow has it comeを省略したものと言ってたような。。。だから後に続く文はＶ＋ＳではなくＳ＋Ｖの平叙文だったような。。。違ってたらごめんなさい。