what have you been? youve been working for him undercover?
この youve been working for him undercover?　の意味が分かりません、どういう意味でしょうか？

“あなたは（ずっと）彼のもとで内密な（隠密な、秘密の、スパイ活動…？　）仕事をしているの？”
　これは、きっと比喩表現だと思うので（笑…あなたスパイとか、おとり捜査員やってるんですか？）ご自分の状況と照らし合わせて解釈してくださーい。