丁寧な言い方で水を下さいは、どれが正解ですか？
1,Would you like a glass of water,please?
2,Could I have a glass of water?

もしくは、他の言い方ありますでしょうか？
お願いします

１は、主語がｙｏｕなので「水が欲しいですか？」という感じだと思います。
なので２で大丈夫だと思いますよ。
A glass of water, please.
でも大丈夫だと思いますが。 　

May I have a glass of water, please?
　

そうですか。
１、だと相手に尋ねる場合ですね。
　　I’d like to a glass of water.
だと水がほしいです。だと思いますので、水を頂けますか？
　と聞きたい場合は、２でいいのですね？ 　

人に物を頼むときは、couldよりmayを使うべきです。couldは自分が出来る事に許可をもらう時に使います。mayやwouldはあくまでも相手の了解あっての頼み事になるのでそれが正しいです。
may i have a glass of water, please. 　

How about "If you don’t mind, could you please give me a glass of water?"
でも、普通の生活ではここまで丁寧に言う場所なんて、ないと思いますけど、、、？？
まあ〜古いアイルランドからの移民のカナダ人の友達の家では、友達の私に"Sure"ではなく、"Certainly!"ってこたえましたけど。
　

レス５さん、丁寧に言うなら、could ではなくwouldを使います。
すなわち、"If you don’t mind, would you please give me a glass of water?"　となります。 　

場合によってちょっと違ってきますが。

A glass of water, please. と言う場合は何か飲み物要るか聞かれた場合でないと、変。
>I’d like to a glass of water.
->I’d like a glass of water. も同じく、聞かれた場合でないと、ちょっと傲慢かな？

＞Could I have a glass of water?
couldとmayも場合によりますよね。
友達や知り合い、普通のレストラン等ではcouldの方が妥当かな。
mayは目上の人に、それともただ丁寧語として使うか。

＞If you don’t mind, could you please give me a glass of water?
の場合は、couldでもwouldでも大して変わらないと思うけど