The Purchaser’s making payment pursuant to the said Invoice(s) shall not in any manner constitute,,or be construed to constitute, waiver of any protection under the non-assignment clause of the Agreement.
って簡単に言うと
『条約の項目で明記がない場合はいわば購入者の、インボイスに表記されている支払いは執行されず、あらゆる保護の権利放棄もできない。』
みたいな感じでいいのでしょうか？
shall not の not ってそのあとのconstitute　と　be construed の両方にかかりますか？

「購入者が当該の請求書に対し支払いを為すことは、契約の譲渡制限条項によるいかなる保護の免除を構成する、または構成すると解釈されることはない。」

昔勉強したことで自信ないんですが、non-assingment clauseっていうのは第三者に契約上の権利を譲渡することを制限する条項のことなので、ここでは要は、「non-assignment clauseの効力は、購入者の支払いの如何には左右されない」ということを言っているのではないでしょうか。shall notは両方（constituteとbe construed to constitute）にかかってますよ。 　

↑　すばらしい。勉強になります！ 　

丁寧な説明ありがとうございました☆☆