先日ルームメイトに電話がかかってきて、彼が居なかったので
He’s not here right now.but he’ll come back soon.
（今いないけど、すぐ戻ってくるよ）と言いましたが、正しいですか？それと、「電話あった事伝えておきます」は何ていえばいいでしょうか？

He’s not here right now, but he’ll be back soon.

I’ll let him know you called. 　

有難うございます。質問ですが、come back とbe back 違いはなんですか？　それと「彼が戻ったら折り返し電話させましょうか？」
はどういえばいいでしょうか？
続けてすいませんが教えて下さい。 　

come back と　be back　の違いは、動作と状態の違いです。（わかりにくいか？！）つまり、come back は「戻ってくる」という動きそのものを強調した表現で、be back は「元に戻っている、帰ってきている」、という状態を強調している表現です。
どっちを使っても大丈夫ですよ！
折り返し電話させます、は カジュアルなら　
You want him to call you back when he gets in? とかでいいと思います。