子供の名前が日本語と英語とで違う場合（スペルやミドルネーム）、どちらかの国のパスポートにカッコ書きなどで違いを表示することってできるのですか？誰か知っている方がいたら是非教えて下さい。よろしくお願いします。

うちも姓が英語名、名が日本名、ミドルネームが英語名ですが、基本的には全てヘボン式ローマ字で記載されます。
しかし、申請の際に非ヘボン式ローマ字氏名表記等申述書というものと併せて英語のスペルを証明できるもの（例えば苗字ならご主人のパスポートなど、ミドルネームならもしお子さんがカナダのCertificate of Canadian Citizenshipのカードなど公的なもの）を提示して申請すればバッチリ英語のスペルになります。
しかしそれらのものがなければ、例えば子供宛に来た手紙やカードなどを提示するとヘボン式ローマ字で記載された後に続けて括弧書きで英語のスペルも記載してくれます。 　

情報どうもありがとうございました。とても参考になりました。感謝します。 　

もう一度質問させてください。今最寄のパスポートを申請できる事務所へ電話したところ、日本の戸籍が漢字で登録されていてカタカナなどで英語の名前を登録されていない場合は非ヘボン式の申請はできないといわれたのですが・・・。お子さんの日本の戸籍は英語の名前も載っているのですか？ 　

日本ってどうしてヘボン式しか使わないんでしょうね？？ 　

日本の戸籍はカタカナと漢字でも、英語表記に出来ますよ。
子供のパスポートは日本、カナダとも、英語（非へボン）表記です。


我が家は日本のパスポートを日本で作る際、名前の英語表記を証明するもの（カナダのパスポートや出生証明書）がなかったので、カナダの祖父母から子供宛に手紙（信書）を書いて送ってもらい、それを証明にして作りました。パスポートセンターにもう一度確認してみた方がいいですよ。 　

貴重な情報、本当にありがとうございました。早速別のパスポートセンターへ問い合わせてみたところ、やはり非ヘボン可能と言う回答が帰ってきました。ありがとうございました。