海外移住届けで
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海外での死亡時は、死亡届を在外公館に提出。死亡証明書類（死亡診断書、死体検案書など）
が必要となります。また、滞在届けを提出している場合などは当局の手続きも必要です。
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と書かれてました。二重国籍の場合はどうなるんでしょう、在外公館などはちゃんと死亡届けを受理してくれるのでしょうか？

普通に在外公館でいいんじゃないですか？

とにかく日本に戸籍が残っているのであれば、そのデータを変更する手続きが必要なので、在外公館でいいと思います。

二重国籍の場合で非合法な場合は、もしかしたら、カナダ国籍を取得した日時で日本国籍離脱というような変更になるかもしれませんが、それはよくわかりません。データが死亡にするにせよ、国籍離脱にせよ、戸籍データの変更が必要なことだけは確かなので、届出は受け付けてもらえると思います。