基本的に食べもののGSTは、スナック類・嗜好品に近ければ課税対象、家庭の食事に必要な食品とみなされれば、非課税のはずです。
興味があったので調べてみました。
http://www.cra-arc.gc.ca/E/pub/gi/gi-022/gi-022-e.pdf
純粋な水の場合、バラ売りされている600ml以下のボトル、およびサイズに関係なく自動販売機で売られている場合は、課税対象のようです。
ですから、お店で購入する場合、600ml以上のボトルか、いくつかボトルがパッケージになっている商品であれば、非課税のはずです。
このリンクを見た場合、P3の表だけを見ると、600ml以下のボトルウォーターであれば課税対象のように見えますが、P1の最後にこう書かれているように、小さいサイズでもパックになっているものは非課税のはずです。
Water sold in a single-serving-size bottle is taxable. When water is sold in manufacturers’ or producers’packages of two or more single-serving-size bottles, it is zero-rated. Water sold in a bottle that exceeds a single serving size is also zero-rated.(For GST/HST purposes, a single serving of a beverage means any serving that is less than 600 millilitres (mL) in volume.)
たぶんIGAは、タックスデータを入れるとき、担当者が1リットル以下?の小さいサイズのボトルウォーターは全部課税扱いと思って間違えたのではないでしょうか?電話して確認してみてはどうでしょう。