子供はびっくりするほど適応性があります。
息子(2歳)はミドルネームはありませんが、ファーストネームでも日本語風の発音と英語での発音を自分でわかっているようで、”お名前は?”と聞くと日本語風の発音で、”What’s your name?"と聞かれると英語の発音で同じ名前でも答えるようになってました。
それこそ、小さい時(赤ちゃんの時)から呼ばれていたら、たとえ父と母が違う呼び方でも、こちらが説明する前に子供はちゃんと分かると思います。上の方もおっしゃってますが、トピ主さんとご主人様とで相談されて希望のやり方でOKと思います。本当に、子供はこちらが理屈を説明する前に分かっていると思います。