やっと陰性証明が出たのもつかの間、PDFでのアップロードができないと知らず最初の画面でファイルを添付、次の確認画面でアップロードされてないのをパニくりそのまま間違えてOKを押してしまい、審査中となってしまいました。
単純に写真を取ればよかったんですよね。。。ばかすぎて自分でもわけがわかりません。これはもうやり直しができず、黄色い画面のまま出国し陰性証明書を紙で見せるというやり方しかないのでしょうか。
陰性証明が紙でしか証明できないとなれば質問票（QRコード印刷？）、契約書、ワクチン接種証明書も紙ベースで準備する必要があるのでしょうか。

一度アプリをアンインストールしてから、やり直せるみたいですよ

アンインストールということはまた１から登録しなおすということでしょうか。最初の３つの項目を入れ、画面が黄色になるまでに１日かかりました。ものすごく準備をして色々調べて慎重にやってきたつもりなのに、ここでつまずき本当に疲れて何もやる気がおきません。早い返信ありがとうございました。

そうですね。間違ってしまった場合は一度アプリを消して、もう一度ダウンロードしなおせばやり直せるはずですよ。

パスポートナンバーで管理してるからアプリ入れ直してもしばらくは過去情報出るよ。
mysoswebの方に新アカウント作ったほうが確実じゃないかな?

ページが青になってる事大切です。入国までにスタッフさんがたくさん並んでいてその一人一人にじっくりではないですが、青になってるか確認されます。
私の場合は、あまり携帯が新しくないせいか携帯でMYSOSをすすめようとすると、日本の滞在先を入力するあたりからすすまなくなったため（何度も何度も試してみましたが結果変わらず）、PCからMYSOSウェブでアカウントを作りました。
携帯でMYSOS登録してる方ばかりで、私以外はみんな携帯を見せていました。
私の場合は、青になったことを証明できる一番初めのページ、QRコード、PCから登録した方はどのページを印刷して持っている事と書かれているものさえ用意していると大丈夫です。

紙でそろえるのとやり直すのと、どっちでも好きな方選べば？
どっちも面倒なことにかわりはないでしょ。

解決されてらっしゃるかもしれませんが、
厚生労働省・入国者健康確認センターのホームページに
Q&Aが載っています。

https://www.hco.mhlw.go.jp/faq/fasttrack.html

4-4事前登録で間違った情報を登録してしまった場合、訂正はできますか？
誓約書などの修正については、下記となります。
出国前72時間以内の検査証明書の有無を登録する前であれば、質問票WEB、個人誓約書については、任意のタイミングで入力内容の訂正が可能です。
出国前72時間以内の検査証明書の有無を登録すると、検疫手続確認センターによる審査が開始されますが、現在のステータス表示が「審査中」の状態であれば、質問票WEB、個人誓約書の入力内容の訂正はまだ可能です。
ステータス表示が「審査完了」となりましたら、もう入力内容の訂正はできません。
審査完了後に、予約便や同行者の変更などが生じて、入力内容の訂正を行いたい場合は、MySOSアプリをアンインストールしてから再インストールし、最初から入力をやり直して頂く必要があります。

となっています。
他にも困った事があったらメールで質問出来るようですよー。と書いていて、もう出発されてますよね。

他の困ってる方のお役に立てればいいなと思います。