カナダ式で離婚する場合、1年の別居が条件のひとつにありますが、
家庭内別居の場合はそれをどのように証明するのでしょうか？

知り合いが裁判所に行った時に双方の話を聞いて、家庭内別居日を決められたらしいです。弁護士にやり方を相談したらいいと思います。
とりあえず寝室、食事時間や家事(相手の事は一切しない)を分ける事から始めてください。車もシェアしない方がいい。
ルームシェアの感覚です。
可能であれば、それらの日にちを記録しておく。

財産分けをする際に、誰がどれだけお金を負担したかをキチンと書類にするようです。

（財産−必要経費）÷2＝各自の取り分

だからなんでも証拠残しておいた方がいいですよ。
家賃は誰がなん割負担したのか？いくら支払った？（小切手やイートランスファで残す）、車の保険は？、光熱費は？

別居の証明はタックスリターン時に、セパレートを選んでいつから別居か書く日ありませんでした？

私はセパレーションアグリーメントを作成し、裁判所に提出して班を押し保管してもらい、そのコピーをCRAの提出しました。その年度のタックスリターンから別居で出し、後は少しずつ折半内容を話し合い、1年後完全な別居となりました。協議離婚で話し合いができる相手でないと難しいですし、子供がいると少々大変です。
婚姻関係が長ければ大体折半で裁判官はオッケーです。
しかし何度も言いますが子供がいるとそんなわけにもいきません。別居の時点で弁護士など要りません。英語がわからないとかなら雇った方がいいかもしれません。

res3さま

裁判所って予約とか必要ですか？
裁判所に行ったことがなくて（どこにあるのかも知らない状態です）
どうやって裁判所で手続きするのか？を調べることから始めないといけない状況なのですが、
そういうことはHPで調べましたか？
裁判所はハードルは高そうに思えて、なかなか重い腰が上がりません（泣）