この度日本に永久帰国を考えていて、自宅を売却する予定の永住権保持者です。

売却益が出る予定ですが、転出届さえ出していれば、日本で課税されないのでしょうか。
その場合、売却後に転入届を出しても、売却時は非居住者とみなされ、日本での課税は免除されるのでしょうか。

現在、日本に住民票を残したままカナダにいる状況です。

ご存知の方がいましたら、アドバイス宜しくお願いします。

詳しくはありませんが２国間で税に関する協定があるため、日本がカナダがどちらかでは課税されるはずです。

おっしゃるとおり転出届を出していれば日本では課税されないでしょうがカナダでは課税されるでしょう。

どちらでも払わないと脱税（申告漏れ）となってしまいます。

自宅ならば、日本へ帰る前に売ることです。
どんなに大きな譲渡益があろうと、税金はなし。

日本へ帰った後に売れば、日本で課税されます。
二国間条約でカナダで払った税金はクレジットにはなりますが、
自宅ならばカナダで払うのはゼロなので、クレジットはゼロ。
それなのに日本では払わなければならない。
こんな馬鹿な事はない。

自宅以外の不動産なら、カナダで払う税が日本でクレジットに
なるので、いつ売っても同じ。
市場をみて、一番よいタイミングで売りましょう。

日本に住民票があるなら、海外財産として５千万円以上は日本の税務署に報告の義務があるのですが、報告しないほうがいいですよ。