アプリケーションフォームにMiddle Name,Preferred Nameの欄に何を書けばいいのか困っています。

Middle Nameはないのですが、その欄は空欄のままでいいのでしょうか？それとも横線でも引いておくべきなのでしょうか？恥ずかしながら何を書くべきなのか分かりません。

あとPreferred Nameは学校のアプリケーションフォームであれば呼ばれたい希望の名前を書くということなのでしょうか？

N/A と書いています。

non applicable 該当なしの意味です。

ブランクが正解です。（N/Aと書いてはいけないわけではありません）

N/Aを使うべきケースは、

「該当しない場合はN/Aと書け」と明確に指示されている場合
入力必須項目に指定されているが該当する答えがない場合
WEBフォーム等で入力しないと進めない場合

です。