カナダ人とカナダにて結婚して、現在日本に数ヶ月住んでいます。もう少ししたら、カナダで又生活する予定です。日本で婚姻届を出したのですが、カナダで住むようになったら領事館に婚姻届を出さなければいけないのか分かりません。
ご存知の方がいらしたら、教えて下さい。

ん？
日本で婚姻届をだしたのなら、もうあなたの籍に彼が入っているってことですよね？
そうしたら、領事館には届ける必要はないと思います。
移民申請するのなら、戸籍謄本を日本から用意していって、領事館で翻訳してもらいましたが、そのこととは違うんですよね。 　

日本で婚姻してるのに、カナダに住むのにまた婚姻届を出さなければならないのであれば、カナダに来る既婚者は全員二重に婚姻届を出さなければならなくなりますよ。

領事館に出さなければならないのは在留届です。

もしカナダ側に婚姻届を出さなければならないのか？という質問でしたら、カナダに戸籍はありませんので、出すところがありません。婚姻を証明するために、日本の戸籍謄本を英語に翻訳してもらっておけば後々便利でしょう。