国際結婚をしましたが、旧姓のままです。従って子供の日本戸籍の姓も私と同じです。
子供のカナダのパスポートは夫の姓のみの表記です。

今回、子供と私の日本のパスポートを申請するにあたり、私の日本の姓の後にカッコ書きで夫の姓を付け足すことができるようなのですが、同じような環境にある方で、そうされている方はいらっしゃいますか？　JRパスなどの関係で、将来私が日本のパスポート、子供がカナダのパスポートで入国しなければならない場合、姓が違うと問題になったりするのでしょうか。子供は未成年です。　
別名並記について、そのメリットやデメリットなどがありましたら教えていただけたら嬉しいです。

宜しくお願いします。

>将来私が日本のパスポート、子供がカナダのパスポートで入国しなければならない場合、姓が違うと問題になったりするのでしょうか。

子供の出生証明書に貴方の名前が記載されてる筈ですが。