今回、初めて免税で買い物をして合計が10万くらいになりました。
カナダ入国の際の免税範囲が$800を超えてしまいました。
免税で買い物をするため、パスポート(パスポート番号)を見せているので全てカナダの税関で買った合計が分かったり管理されているのでしょうか？

また、$400くらいオーバーだとどれくらい課税されるのかどなたか教えてください。
宜しくお願いします。

カナダの税関にまでその情報は行ってないと思いますよ。
日本国内で免税扱いの店で購入するとパスポートに紙が
ステープル留めされてませんか？　日本出国審査前に税関の
ブースでその紙を見せて取ってもらうだけです。

カナダ入国時には正確に申告すれば終わりです。
免税枠をオーバーしてても税金の支払いは係官次第です。
運が良ければ課税なしです。

怪しいと思ったら別室で全ての荷物を開けて調べられますので、なるべく正確に書くといいと思います。
でもそのくらいオーバーならわざわざ時間を取って課税の手続きなんてしないんじゃないかと思いますが。