現在夫と別居中で、息子は私と一緒に住んでいます。
夫側の問題で別居中ですが、彼が今までにないくらい反省をして自らセラピーやカウンセリングに行っています。だからといってすぐにやり直すことはできないのですが、こどもには良い父親だし、問題が解決でき、私の心情的にも大丈夫になれば、将来的にこどものためにも元に戻る選択肢もあってもよいかと考えています。彼の行動次第では離婚です。戻るとしてもどれだけ先になるかはわかりません。

セパレーションアグリーメントをサインした後でも、双方が希望、納得したらアグリーメントの内容を変えたり、取り消したりできるという解釈で間違っていないでしょうか。離婚申請前であれば、双方の同意があれば取り消して元に戻ることもできますか？
その場合、サインしたときから離婚申請、もしくは取り消しをするまでアグリーメントの内容が適用されるということでしょうか。

よろしくお願いいたします。

弁護士に聞きなさい。

セパレーションアグリーメントは別居中の取り決めなので、離婚せずにそのまま別居を続ける人もいますし、まれに復縁するカップルもいます。

別居状態が解消されれば、アグリーメントは無効になりますが、税制上のステータスも再度変わるし、財産分与など住んでいれば心のしこりは残りそうです。
いずれにしろ、再同居の際、遺言の見直しをしなければならないだろうし、その時に弁護士に相談するのがいいと思います。

人はそんなに簡単に変わるものじゃないです。反省やカウンセリングで変われるなら、別居までのいずれかの段階でやり直せたと思います。
せっかくそこまで来たのだから、早まらずゆっくり見極めてください。

復縁するまでしおらしく、復縁したら以前と同じという状況になるのが普通じゃないでしょうかね。
スケールの大きな喧嘩と仲直りみたいなもので、何も変わってないですよ、きっと。

双方が合意しているなら、なんでも変更可能ですよ。