他のトピにもあるように、カナダで生まれた日本人との子供は、
日本出入国は日本のパスポート、カナダ出入国はカナダパスポートだと思います。

子供達はカナダのパスポートで他の国に旅行することが多いので、エアマイルの名前はカナダの名前にしています。

日本行きでもエアマイルに加算するために、カナダのパスポートの名前を使って航空券を買った場合、日本でのチェックイン時はカナダのパスポートを渡せばいいのでしょうか？

よろしくお願いします。

基本両方持たなければなので、エアマイルに関係なく両方見せればよいだけです。

いつも思うのだけど、なんで日本の名前をカナダと同じにしないの？カナダメインでパスポートを使ったりマイレージカード使ったりしてるなら、日本での便宜を考える必要はないし、短い名前で出生届を出すとかしなきゃいいだけの話だと思うのだけど。

Res2さん
それはお子さんの出生状況によりけりではないでしょうか？

うちの場合は、結婚の際に私（日本人）は主人（カナダ人）の苗字に変更していません。日本姓のままです。子供たちは全員カナダ国外で生まれたのですが、
英語圏で生まれた娘は出生当時の書類がすべて英語だったので、カナダパスポートをカナダ姓で発行可能。
日本で生まれた息子たちは当時のIDが日本姓なので、カナダパスポートも日本姓でしか発行できず、今も日本姓のまま。

両親のどちらかが日本人で婚姻の際に日本側で苗字を変更せず、お子さんをカナダ国外で出産された方は意外とこういう問題も多いんじゃないでしょうか。

Res1さん
ありがとうございます。
22歳以降で日本国籍を取得した場合で、カナダのパスポートを返納するつもりがない場合も(基本はカナダ在住のため)チェックインカウンターで２つとも見せちゃっていいのでしょうか？

Res2さん、Res3さん
まさにその通りで、日本では苗字を変えていないので子供の苗字も私と同じになります。

22歳を超えている場合は別トピがありますが。

エアマイルというのは、チケットを買ってそのチケットが使われればポイントが付きます。航空券の名前を変更したりしないですよね。
入国審査というのは別の話です。