ここでトピ主さんが問題にされているのは、入出国とか航空券の問題というより「JRパスの利用要件」の話ですよね？
前提条件として、JRパスを使うには、外国（カナダ）のパスポートで観光者として入国するか、日本国籍であれば外国に10年以上居住していることを証明しなければならない。
→今回はチケットは日本のパスポートの名前で取っているので、日本のパスポートで入国ということになる。
→日本のパスポートで入国するのであれば、10年以上国外に居住したという証明が必要となる。
→しかし子供はカナダ国籍なのでPRカードもなく、居住証明発行のための領事館は遠すぎて行けない。
→となると子供はJRパスは使えなくなる。困った
という話だと解釈しています。
https://www.jrailpass.com/blog/japan-rail-pass-new-eligibility-requirements
ここにJRパスの新しい資格要件が記載されていますが、それによると、カナダは特例としてPRcardも在留資格書類として認められるようなので、もしトピ主さんが10年以上カナダ在住でPRをお持ちで、かつお子さんが12才未満であれば、お子さんはトピ主さんと同居していることが確認できれば資格要件は満たすように思えます。JRに確認されてみてはいかがですか？
トピ主さんがすでにPRではなく、お子さんが12才以上の場合は、当てはまらないようなので、その場合は、航空券の名前を変更してカナダパスポートで入国するのが一番簡単かもしれません。
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確認書類のご案内
2017 年 6 月 1 日より、日本国籍の方は 10 年以上日本国外に在住又は永住している条件を満たし、次のいずれかの書類を提示していただくことで JR パスの購入が可能となります。
�� 在外公館が交付する「在留届の写し」（在留届の受付日付が 10 年以上前のものに限る。
�� 在外公館が発行する「在留証明」（「現住所に住所（または居所）を定めた年月日」と して、10 年以上前の年月が記載されたものに限る。）
�� なお、当面の間、特例として、「アメリカ、ブラジル、カナダに限り、在留国が発行す る永住カード（当該国に 10 年以上在留していることが記載されたものに限る。）」も確認 書類として利用できます。
※�，砲弔い討蓮�一通の「在留届の写し」において、同居家族の方の在留期間が連続して 10 年以上であることが確認できれば、同居家族の方についても有効となります。
※引換証購入の時点で在留期間が 10 年に満たない小児（12 歳未満）の方については、�，� 一通の「在留届の写し」において「在留期間が連続して 10 年以上である方」と同居して いることが確認でき、かつその方と一緒にジャパン・レール・パスを利用する場合、ご利 用資格を満たします。
※「在留届の写し」及び「在留証明」は、交付又は発行から６ヶ月以内のもののみ有効です。 ※確認書類のコピーでは、引換証のお買い求め及びパスへの引換はできません。
※「10 年以上」については、引換証のお買い求め時点で「10 年前の同じ月」以前のものが 有効です。 （例）2017 年 6 月 1 日に引換証購入の場合「2007 年 6 月」以前のものが有効 （2007 年 6 月１日〜6 月 30 日は「2007 年 6 月」と見なし有効）
※上記� 銑�のいずれか１つの確認書類を提示いただけない場合は、引換証のお買い求め及 びパスへの引換はできません。
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