今年晴れて永住権を取得したのですが、SINが変わると昔のものは紐付けされないのでしょうか？

結婚移民の結果が出るまでのプロセスは、自身のワークが切れた後数ヶ月ビジターだったのですが、その時のSINと今のSINはラストネームが違うし、ビジターになった時点で有効期限切れでwebからアクセスできなくなってしまいました。

特にもう使うこともないとは思うのですが、私から閲覧できないだけで新旧ふたつのSINは紐付けされているのでしょうか？
新しいSINには新しいIDとパスワードが必要と言われたので、CRAのサイトなどは新しいものを作りました。

紐付けされます。
昔カナダで学生ビザで来た時、SINをもっていました。
卒業後日本に帰国し、数年後、永住権を取得してカナダに戻ってきたとき、新たなSINを受け取りました。結婚して名前も変わっていましたが、昔のSINと紐付けされていました。

トピ主さんが知りたいのは、CICのサイトで見ることができる移民申請プロセスや申請中のステータスのことでしょうか？
それでしたらSINではなく移民プロセス完了後、一定期間が経過すると自動的に閲覧できなくなります。

SINはCRA側では紐付けされます。
確かにトピ主さんのおっしゃる通り、MyAccountのIDは新規に作り直さないといけませんが。
例えば、2018年中にSINが変更されて、2019年に銀行から届いた2017年分のT5が古いSINで書かれていたとしても、そのままTaxRetuernでファイルして問題なく手続きしてもらえます。
でも、もちろん銀行とか職場とか、SINが変わったことを自分から報告しないといけない機関はあります。そのあたりはSINが変わった時に説明されたと思います。
あと、クレヒスはSIN変更直後は新しいSINでは参照できないことがあります。でも自分からどうするってものじゃないと思いますよ。誰もわざわざ連絡してないと思うし。