↑ eTA が導入されたから、じゃないですか?
カナダ国民は eTA は申請できませんから。eTA がないと多分飛行機に乗せてもらえないと思います。
まぁカナダ人であることを黙って日本人として eTA を申請してしまえば良いのかもしれませんが、後でどんなこと整合性がとれなくなって問題になっても判りませんから。
↑係員が知らなかっただけの可能性も大きいですが、コートオーダーの内容によっては、片方に親権がなくても両親の署名を求めるケースもあるそうです。基本的には sole custody のある方だけが子供のパスポートを取得する権利があるので、両方の署名は要らないと思いますが、コートオーダーの細かいところは人によって違うので一概には言えないのでは。