今月末に一時帰国します。今まで行った事がありませんが搭乗がスムーズなオンラインチェッキングをしようかと思っております。チケットは航空会社のサイトから直接購入しています。

空港から自宅が結構近いのですが、空港では荷物を流すのみでチェックイン時の待機時間や、席の確実な確保といった面では有利かなとは思います。
ただ私は地方出身者で乗り継ぎもあり、何かデメリットがあるなら避けたいとも思うのですが・・みなさん普段どうされてるのでしょうか。よかったら是非お聞かせください。

いつもオンラインチェックインしてます。

特にデメリットは思いつきませんが、場合によってはチェックインの時の待ち時間はあまり変わらない事もあります。オンラインチェックイン済みのカウンターが一般のカウンターより混んでいる場合もあるので。まあ、混雑状況に応じてどちらのカウンターでもいけるというのはいいですよね。

私は席をマップで見て自分で選びたいのでオンラインチェックインしてますが、確実な確保というわけでなく、一度オンラインチェックイン済でボーディングパスも印刷済にもかかわらず、航空会社の事情でカウンターで席を変えられた事があります。その時はオンラインチェックインの意味ないじゃん！と思いましたが。まあそんな事は何十回とやってる中で一度の出来事ですが、そんな事もありえるということで。

私ももうずいぶん前からオンラインチェックインしか使っていません。

私はいつもJALですが、オンラインチェックインをしてボーディングパスをプリントアウトして空港に行っても、荷物をドロップオフする時に結局、普通のボーディングパス（日本までの国際線と、日本国内の乗継便の2枚のボーディングパス）をくれますので、オンラインチェックインをしたらかといって、何の差もないですよ。

自分で席を選べること、事前にチェックインを済ます安心感、空港では荷物をドロップするだけなので列にほとんど並ばないでいいこと、が良い点だと思いますが、それらの点にあまりメリットを感じないとしても、デメリットはないと思います。何らかの事情でオンラインチェックインができない場合（旅行者などでネットが使えない、あるいは高齢者などで自分でのチェックインに不安がある等）を除いて、オンラインチェックインを避ける意味はないと思います。
ちなみに、同じ便に同姓同名の人が乗っている場合はオンラインチェックインは使えません。

これは便利でいいですね。
一度やったら止められません。

いつも手荷物しか持っていかないので、
一時間前に行って、15分前に搭乗。
手荷物検査に時間がかかる以下外、
待ち無しで、ストレスフリーで快適です。

成田では、チェックインターミナルを使い、
直ぐに手荷物検査に入れます。

バンクーバー入国もターミナルで5分。

コメント寄せて頂いた皆様、ご回答本当にありがとうございました。