カナダ人パートナーとの間に大きな溝ができてしまい、お互いに離婚を考えています。
結婚届は日本の役所で申請、その数年後カナダに移住、永住権をファミリークラスの手続きで取得しました。
この場合、離婚手続きは日本の役所と、カナダの両方で行う必要がありますでしょうか？
また離婚にあたり１年間別居しないとだめでしょうか？
どうかよろしくお願いいたします。

とりあえずカナダでも日本でも離婚の手続きは必要

現在カナダにいらっしゃるなら、別居1年→カナダで離婚手続き→離婚証明を翻訳したものを元に日本側に手続き、です。