CICのページはよく読まれましたか?
http://www.cic.gc.ca/english/index.html
ここをきちんと読めば、英語がある程度できるのであれば自分で申請できますよ。現在はカナダ国内からよりも、国外から申請するほうが審査が早いようですので、日本にしばらくいらっしゃるのなら日本から申請するのが良いかもしれません。
彼がカナダにいるのなら、上のサイトから申請書類一式をリクエストできるので、彼の住所宛に必要書類を送って読んでもらうといいですよ。
ちなみに、結婚はどちらの国でしても申請にあまり違いはありません。お好きなほうですれば良いと思います。
「カナダへの道」のトピにざっと目を通せば、するべきことが見えてくると思います。お幸せに!