カナダで生まれた生後四ヶ月(帰国時)の乳児と母親とで日本に一ヶ月ほど帰国します。
日本の出生届は提出済みで二月頃日本で受理されるだろうとのことです。
母親は日本のパスポート、乳児はカナダのパスポートで日本入国とカナダ再入国をしようとしてるのですが、領事館の方に「二重国籍の子どもがカナダのパスポートで日本入国すると、止められて別室送りになることがある」と言われました。

最終的には入国できたとしても、時間がかかると日本国内線への乗り継ぎが間に合わない可能性があり、
東京に一泊するか悩んでいます。

このようなケースで日本入国時に止められた経験のある方いらっしゃいますか？その際、何を説明したらクリアになりましたでしょうか？
教えて下さい。

ないないない。領事館の人はそういう事があるよ。（すごく稀に。）と言っただけで、あとで苦情を入れられると困るからって事じゃない？生後４ヶ月を、他の国は知らないけど、別室には送らないと思うよ。むしろ好待遇だよ。並んでても先に通してくれるとか。

トピ主さんと同じ状況の人は今までごまんといてます。というか、殆ど同じだと思います。うちも同じです。年関係なく、「日本国籍を留保でカナダパスポートで日本入国」で止められた事は私は一度もないし
親が日本人なら問題ないんじゃない？

そんな事言われたら、法律に沿って申請したのに何故止められるんですかと、受理もまだされてないのなら、カナダ人がカナダパスポートで入国する事は問題なんですかと私なら言います。

第一、カナダ生まれの外国人が、自国のパスポートで入国、出国を期限内でするだけですから。

これは私の経験上の意見です。もし一泊することになっても苦情は受け入れません。笑。

領事館で渡航書を発行してもらえば悩まずに済むじゃん。

ウチの子供も２重国籍ですが、カナダのパスポートしか持ってません。
私は日本のパスポート、子供はカナダのパスポート。

乳児を連れて日本に帰った時に入国審査のところで、２重国籍なら日本のも作って下さい、と割りとしつこく言われました。

別室は、、、初めてききました。。。

レス2さんが言うように、渡航書を発行してもらい日本へ戻りました。
日本に居る間に届出が受理されたので日本で日本のパスポートを作り、カナダへ戻りました。

ご回答ありがとうございます。

レス4さんのように渡航書発行は領事館からも提案されましたが、渡航書で日本入国した場合は日本でパスポートを作り、日本のパスポートでカナダ再入国をしないといけないと説明されました。
滞在予定の兼ね合いで日本でパスポート申請が難しいのと、カナダ再入国時の子どもの滞在ステータスが気になり、渡航書を使うか検討しています。

渡航書を使った方はお子さんは日本のパスポートでカナダ再入国されましたか?
またその場合、子どもは日本のパスポートで入国してもカナダ生まれなので無期限滞在となるのでしょうか?(ちなみに母親はビザでの滞在期限付き再入国です)

>二重国籍の子どもがカナダのパスポートで日本入国すると、止められて別室送りになることがある」と言われました。

ありえるかどうかわかりません。
但しカナダで生まれたお子さんは22歳になるまで重国籍が認められている（日本国籍保留届けを提出した場合のみ）
のでカナダのパスポートでの入国は可能です。
ですがまだ生後4ヶ月、結局お母さんと一緒という事ですから、日本入国は日本のパスポートでの出入国をお勧めします。
日本国籍を持つ人に対しての日本入国は日本のパスポートを奨励しています。
推奨ですので強制ではありません。
ですが、入国が日本ですのでやはり日本人としてのほうが面倒ではないと思います。
ではカナダ入国は？
となりますがカナダは重国籍を認めているので日本のパスポート＋出生証明書提示で大丈夫。
しかしカナダへの入国はカナダのパスポートを使用したいというのならそれで構いません。

過去3回ほど同じ状況で日本に行っていますが、母親は日本、子供はカナダのパスポートで問題ありませんでした。むしろ、赤ちゃん連れだと順番飛ばしてくれたりしました。

日本人の列か、外国人の列か忘れましたが、同じ列で大丈夫でした。

別室送りになったとしても、入国拒否はされないと思うので、大丈夫ではないですか？

過去10回以上、カナダのパスボートしか持って無い子供と一時帰国しましたが全然問題無いどころかすごーーーーく親切にしてもらいましたよ。
ただ、震災後は帰国はしてないので最近の事情はわかりません。震災前は最低年二回は里帰りしてましたが、入国審査で嫌な思いは一度もしませんでした。
私はもちろん日本のパスポートしかないのですが、「お母さんもご一緒に外国人用へどうぞ」と案内してもらい、入国カードの書き方まで親切に教えてもらいました。日本人用のように長い列に並ぶ必要もなく、その点も楽でした。
子供の名前は日本名とカナダのパスポート名が全く違う（当然、私と子の苗字も違う）ので、最初は緊張しましたが、私と子供の顔がそっくりで誰から見ても親子だからか？質問もされたことなく、パスポートと入国カードと私と子供の顔を見てにこやかにスタンプを押して終わり、毎回10秒程度でした。

ただ、トピ主さんの子はまだ戸籍に反映されていないのが気になります。
私は子供が乳児の間は長距離の飛行機は乗せたくなかったので、初めて日本に連れて行ったのは幼児になってからで戸籍謄本にもすでに名前が載っていたので、いつもそれをすぐ見せれるように用意してました。
領事館の方はプロですから、アドバイスは受け流さないほうがいいと思います。
領事館の方よりこの掲示板を信用するのも、失礼かもしれませんね。（レスした私が言うのもなんですけど）
最近は入国審査が厳しくなってるのかもしれません。
別室送りになったとして、日本の戸籍にも載っていない子の証明はややこしそうですね。

生後4ヶ月の子をなんで日本に連れて帰るの？しかも、トピ主は田舎で国内線にものせるんだよね。
更に1ヶ月滞在〔怖〕鬼母？ただのバカ？

我が家は、毎回、子供の入国カードを記入し、外国人の列に並び、日本のパスポートを作るように！滞在期間中は、お子さんの外国人登録を役所でするように！と、毎度言われますので、わかりましたとだけ答えて、通ります。

友人は、カナダパスポートのお子さんと一緒に日本人の列に並び、毎回、別室行きで、時間がかかると言ってました。

外国人の列に並ぶ事をお薦めします。心配は、ありませんよ。

皆様のレス大変参考になりました。
詳しく教えて頂きありがとうございました。

二重国籍とか全く関係なく、普通に外国人として入国すればいいだけだと思いますけど。
１か月しか滞在しないのですから、問題ないです。
親は「子供が外国籍です」と係りの人に言えば、どの列にならぶとか教えてくれますよ。